Polskie Linie Kolejowe i GDDKiA nie są w stanie wykorzystać funduszy unijnych
13 lipca 2006 Komitet Monitorujący SPO Transport zaakceptował zmianę w programie operacyjnym, umożliwiającą współfinanowanie dokończenia pierwszej linii metra w Warszawie. Projekt był początkowo zgłoszony do działania 1.6 ZPORR, ale został zgłoszony dopiero w drugim naborze, kiedy większość środków została rozdysponowana i takiej kwoty już nie było.
Przewiduje się dofinansowanie w wysokości 50% kosztów kwalifikowanych projektu, czyli ok. 340 mln zł. 195 mln będzie pochodziło ze środków przeznaczonych na budowę dróg krajowych, a reszta ze środków przeznaczonych na budowę linii kolejowych i transport intermodalny. Ta decyzja oznacza, że dwaj główni beneficjenci programu: GDDKiA oraz PKP PLK SA nie potrafią wykorzystać środków unijnych. Decyzja została podjęta wobec groźby niewykorzystania środków programu, z powodu braku dostatecznie zaawansowanych projektów. Oznacza to, że zarówno GDDKiA, jak i PKP PLK SA nie były w stanie w odpowiednim czasie przygotować wniosków i utraciły środki, które były dla nich zarezerwowane.
GDDKiA poinformowała, że nie będzie w stanie zrealizować w terminie projektu budowy drogi ekspresowej Białobrzegi – Grójec i rezygnuje z tego projektu – zostanie on przesunięty na okres 2007-13.
Jeśli chodzi o linie kolejowe, to początkowo zamierzano z SPO Transport zmodernizować linię Warszawa – Łódź na całej długości. Później ograniczono ten projekt tylko do odcinka Skierniewice – Łódź Widzew (w najgorszym stanie), a za resztę środków miały być wykonane prace projektowe dla pozostałego odcinka, oraz modernizacja linii Warszawa – Radom wraz z budową tunelowego łącznika do lotniska Okęcie. Obecnie wiadomo, że modernizacja linii do Radomia zostanie na razie ograniczona do odcinka Warszawa Zachodnia – Warszawa Służewiec.
PKP PLK próbowała złożyć wniosek pt. Rehabilitacja trakcji i eliminacja wąskich gardeł na sieci kolejowej
. Niestety na 33 zaplanowane zadania tylko w 10 przewidywano efekt w postaci skrócenia czasu przejazdu, z czego tylko w 3 jest to skrócenie znaczące. Większość zadań w ogóle nie spełnia kryteriów programu, gdyż nie dotyczy linii w aglomeracjach lub pomiędzy aglomeracjami, albo dotyczy linii na których w ogóle nie jest prowadzony ruch pasażerski, bądź jest on szczątkowy. Ostatecznie projekt jest finansowany z budżetu państwa.
Takie przesunięcie, choć pozwoli uratować zagrożone środki, należy jednak uznać za porażkę programu, gdyż nie zostaną z niego wybudowane drogi, czy zmodernizowane linie kolejowe w takiej skali jak to pierwotnie planowano. Środki pójdą na budowę metra, mimo, że dla takich działań był przewidziany zupełnie inny program (ZPORR, działanie 1.6), miasto Warszawa ma zarezerwowane środki w budżecie na ten cel, a w ostatnich latach nie potrafiło wydać kilkuset milionów złotych rocznie przeznaczonych w budżecie miasta na inwestycje.
Dziś do porażki nikt nie chce się przyznać. Wiceminister Jerzy Kwieciński – obecny przewodniczący Komitet Monitorującego, nie zgadza się z taką opinią, podobnie Krzysztof Celiński, nowy szef PLK. Jeśli chodzi o tego drugiego, to jest jasne, że powinien wyciągnąć wnioski systemowe i personalne wobec osób, które odpowiadają za utratę przez firmę co najmniej 100 mln zł wsparcia unijnego, które od początku było dla niej zarezerwowane.